根据战略性新兴产业的特征，现阶段国家重点培育和发展的战略性新兴产业包括：节能环保、新一代信息技术、生物、高端装备制造、新能源、新材料、新能源汽车等七大类产业。目前新疆的战略性新兴产业总体上还处于起步阶段，已有除新能源汽车外的六大产业，由于各地自然禀赋、工业基础不同，上述产业的分布及发展水平亦存在较大差异。
一、新疆战略性新兴产业发展的主要特点
1、各地依托自然资源和已有优势产业发展战略性新兴产业。新疆是资源性输出地区，在发展战略性新兴产业时围绕资源的开发利用做文章，各地在新能源、新材料、节能环保等方面首先形成了一定的规模生产能力，信息技术、生物、高端装备制造等产业也已基本形成具有较强发展前景的产业雏形。
2、各地发展不平衡，规模数量较少。经济发展水平决定战略性新兴产业的发展，各地州经济发展的差异在战略性新兴产业的发展方面也有明显体现，战略性新兴产业主要集中在天山北坡的乌鲁木齐、昌吉、克拉玛依、伊犁及东疆的哈密、南疆的库尔勒等地。乌鲁木齐市数量最多，但截至2012年底也只有69家，其中新能源企业11家、新材料企业8家、先进装备制造企业13家、生物制药企业9家、节能环保企业4家、电子信息企业24家。
3、新能源项目一枝独秀，信息产业异军突起。受独特的自然地理条件影响，新疆几乎所有的地州均有风能、太阳能发电项目，投资渠道多样，地方、中央，国企、民企一起建厂，成为发展最快、分布最广的新兴产业。与此同时新疆薄弱的信息产业也有了突破，2011年新疆提出了“天山云计划”，将建成乌鲁木齐、克拉玛依两个云计算产业基地。其中克拉玛依建成云计算行业应用国家级示范区以及面向中亚及上合组织企业和机构的离岸云计算应用示范区；2011年10月克拉玛依市政府和华为公司签订打造“云计算”数据中心战略合作协议，确定将“云计算”数据中心落户克拉玛依市，共同推进云计算在石油领域的应用；2013年云计算产业园区部分项目已开工建设。
4、政府财政扶持力度不断加大。自治区财政补助资金对战略性新兴产业的支持一直持续跟进，政府的扶持资金有限，但是却极大地促进了各个项目的进展，据调查，昌吉州共有25个项目已获得自治区财政补助资金4400多万元。新疆特变电工项目负责人介绍说：“政府的补助资金不仅在一定程度上缓解了我们的资金需求，并且很大程度上提高了我们研发项目的积极性，现在大家每天都加班加点，确保项目的进展”。
二、战略性新兴产业发展的主要问题
1、对转变经济发展方式的重要性和迫切性认识不够。过于看重经济增长速度的提高和数量规模的扩张，忽视经济增长质量、效益、结构和发展的可持续性，如乌鲁木齐仍存在着强调战略性新兴产业数量指标，将部分传统工业企业包装纳入新兴产业范畴，无法凸显新兴产业集群效应。
2、战略性新兴产业规模小，产业发展不均衡。乌鲁木齐市拥有全疆最多的战略性新兴企业，但占区域经济总量的比重较低，远没有达到形成主导产业的规模；节能环保、信息技术、生物、新材料等产业规模偏小，新能源汽车产业尚处空白，而新能源产业占战略性新兴产业比重较大，产能已出现浪费，如中广核额敏风电公司仅2013年1-10月份就被新疆电网公司限电2300万千瓦时，相当于一个多月的产量，冬季限电情况将更严重。
3、技术创新能力薄弱，关键核心技术掌握少。技术创新体系不完善，科技成果转化能力不强，自主研发、设计和制造延伸能力亟待加强，产品多处于价值链低端，竞争优势不明显。
4、发展战略性新兴产业“重大轻小”。当前各地发展战略性新兴产业更多注重于大企业、大项目，中小企业发展未能引起足够重视，梯队力量有待培育。中小企业在政策、资金、技术等方面都面临诸多掣肘，培育和扶持中小企业自主创新，加强后备梯队建设势在必行。
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