农民专业合作社是新形势下农村生产经营体制的一种创新形式，在推动传统农业向现代农业转变、促进农业增效和农民增收、加快社会主义新农村建设步伐等方面发挥着重要的作用。近年来，新疆通过政府引导、政策扶持，不断创新农民专业合作社发展模式，大力推动农民专业合作社增量提质，做大做强，成为推动农业现代化发展和保障农民持续增收的主导力量。农民专业合作社作为新生事物，主要由农民自发组织形成，其发展初期很容易实现“量的飞跃”目标，但由于农民自身条件的局限性，受政策、资金、人才制约，农民专业合作社发展“先天不足”，目前依然存在融资困难、人才短缺、政策扶持力度不足和利益联结机制不健全等实际问题，可持续发展能力令人担忧。
一、资金瓶颈日渐突出，成为制约农民专业合作社发展的首要问题
农民专业合作社最初都是由少数种养大户、村集体领导或农村经纪人发起的，在起步阶段，农户入股资金少，大部分是土地、技术、劳动力的合作，农民专业合作社发展普遍起点较低，对金融机构贷款资金需求强烈。但农民专业合作社缺乏有效的抵押资产，金融机构放贷门槛较高，获取银行信贷资金难度较大。再加上合作社发展自有资金积累水平有限，只能以自筹或民间借贷等方式融资，加大了融资成本，提高了风险，资金短缺和融资困难成为制约新疆农民专业合作社发展壮大和健康运营的首要问题。
二、人才短缺致使农民专业合作社发展后劲不足
一是缺乏优秀管理人才，农民专业合作社决策风险大。目前合作社的牵头人，大多是一些农村能人和专业户，多数属于传统农民，学历不高，缺乏专业知识，从而加大了农民专业合作社决策风险，稍有偏差，极易出现亏损经营局面；二是缺乏优秀技术人才，农民专业合作社产品科技含量低。目前乡镇农技推广技术人员在技能水平、实践能力、服务意识上明显不足，农民专业合作社由于缺乏相应的技术指导，大部分没有能力实施标准化生产和产业化发展，直接影响到市场竞争力的提高，制约了合作社的发展水平；三是引进和培养人才力度不足，农民专业合作社发展后劲不足。农民专业合作社发展尚处于初级阶段，对人才是第一生产力的认识不足，引进人才积极性不高；政府部门针对农民专业合作社的人才培训存在层次不高、实践可操作性不强、培训成果吸收转化差等问题，制约了合作社农民知识技能水平的提高。
三、政策合力不强影响农民专业合作社发展速度
近年来，各级政府对农民专业合作社发展扶持力度不断加大，为其发展提供了较为宽松的外部环境，但政策和金融扶持的针对性不强、合力不足等问题也有所显现。农民专业合作社还处于创建阶段，需要大力扶持，但现在培育发展的环境还不够优越，对专业合作社的管理体制不顺，许多部门都参与管理，职责不清，协调不够。尤其是对农民专业合作社发展后期提升质量、打响品牌、做大做强方面的支持力度较弱，不能有效的针对农民专业合作社发展各个环节开展政策支持，农民专业合作社发展壮大急需更多的部门参与支持，形成强大合力，提供全方位的政策服务。
四、内部运行机制不规范，利益联结机制不健全
农民专业合作社在组建时虽然都制定了章程，但部分流于形式，不易于操作。存在诸如民主管理和监督机制不健全，财务核算不规范、不完整，日常经营管理和运作的随意性较大，决策往往由少数人说了算等现象。同时，合作社与成员的利益联结机制不健全。大部分合作社的“二次返利”比例较小，甚至没有。有些合作社的产销衔接不够紧密，重盈利轻服务，重分配轻积累。加上多数合作社经营规模偏小，覆盖面窄，服务功能较弱，注册资本不足，自身经济实力不强，真正有规模、上水平，具有较强市场竞争力和影响力的合作社比例不高。农民专业合作社与农民之间仅形成了松散的买断、供应或契约关系，没有建立起利益共享、风险共担的紧密型经济关系，导致许多社员不关心合作社的发展，合作意识不强，难以适应市场经济的需求。
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