国家统计局新疆调查总队对各地的调查发现，2013新疆农业生产中存在如下主要问题：
一、农民生产生活条件及农村基础设施建设仍然比较薄弱
近年来，国家、自治区、各地出台了一系列惠农政策，但支持发展现代农业生产，特色优质农产品生产基地、农业规模化生产等相关惠农资金比例还不高，加快发展现代农业的进程还比较缓慢，农民生产生活条件还处于一个相对低的水平，农村基础建设相对较为薄弱。
二、粮食综合补贴仍需继续提高
2013年自治区党委、政府将“严格执行国家和自治区的粮食收购政策，坚持敞开收购、敞开直补，确保售粮农户及时足额领取直补资金，维护种粮农民利益，确保粮食安全”确定为2013年100项重点民生工程之一。同时，继续实施粮食综合补贴政策，小麦收购最低信息参考价格2.24元/公斤，较上年提高了0.2元；自治区小麦直补标准由上年的0.2元/公斤提高到0.3元/公斤，新增的0.1元/公斤补贴不进入企业顺价销售。虽然此措施在一定程度上鼓励了农民的种粮热情，但是，由于种植效益相对其他作物较低，农民种植小麦的积极性并不高，他们还是愿意在有限的土地上，种植经济效益相对更好的棉花、玉米等作物。
三、气候条件对棉花种植不利
棉花素有：“四月苗、五月花、六月蕾”之说，其生长必须保证充足的热量。5-6月棉花苗期生长阶段，新疆各地持续出现低温天气，冷暖波动较大，光热条件不足，棉花苗期生长进程推迟，较正常年份少发2-3片真叶，现蕾期推迟10-15天。对中后期管理造成较大的难度，对棉花产量影响较大。
四、自然灾害不容忽视
2013年春季，新疆部分地区风沙天气较多，有些地区出现低温冻害。夏季，由于全疆大部降水量较往年偏多，不少地区出现洪涝灾害和冰雹灾害。这些自然灾害对农作物出苗、生长产生了不利影响。
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